《新便衣警察》剧中“周志明”是一个年轻警官，在警察这个充满神秘残酷而无情的职业里得到了锻炼，使他蜕去了稚嫩的外衣，走进成熟。他经历了许多人都经历过的情感和生活的磨难。面对抉择填写了一次次的人生答案。故事发生在粉碎“四人帮”之前的一九七六年。经群众举报，南州市公安局逮捕了一个名叫徐邦呈的台湾特务。当时没有弄清楚特务潜入南州市来的目的，在军代表甘副局长的诱供下，徐邦呈谎称他要在边境接应一支敌人的小分队入境，目的是破坏大陆的批林批孔运动。甘副局长亲自带队押解着徐邦呈前往边境，准备将敌人的小分队一网打尽，结果徐邦呈趁机逃跑，被押解的侦察员周志明击毙。抓捕行动失败，线索也中断了，这个特务潜入南州市的真正目的成了一个谜。 　　周志明在一次偶然的事件中认识了一个名叫施肖萌的姑娘，两人相互产生了好感。不久南州市出现了许多悼念周总理的传单，其中有批评当时中央文革的内容，当时的军代表将其列为反革命事件，要求侦察处追查发放传单的人。在一次执勤中，周志明的同事陆振羽根据军代表的布置用照相机给两个邮寄传单的人拍了照，周志明发现其中一个是施肖萌的姐姐施季虹，另一个是自己的同年伙伴安成。就在军代表准备按照照片抓人之前，周志明为了保护施季虹和安成将相机中的胶卷曝了光。随后周志明为了不连累陆振羽又向领导承认了曝光胶卷。结果周志明不但被打成现行反革命，还因为徐邦呈逃跑的事情背上了特务的嫌疑，被判刑十五年投入了监狱。接着，他唯一的亲人父亲也含恨去世了。这突如其来的变故彻底改变了周志明的命运。 　　周志明入狱之后，只有施肖萌坚信他绝不是坏人。施肖萌不顾家人的担心和反对，坚持到监狱看望周志明。周志明为了不连累施肖萌，忍痛断绝了两人之间的关系。同时，周志明在狱中面对个别管教和周围犯人们的双重敌意受尽了屈辱，几乎对生活失去了信心。 　　随着粉碎“四人帮”，在全国范围内平反冤假错案，周志明也得到了平反，又重新回到了公安队伍内。 可是由于一些左的影响，在他的组织结论中还留下一个小尾巴。施肖萌这时候已经考上了大学，周志明和施肖萌再次重逢后，很快感情上又出现了误解和裂痕。一直都在暗中喜欢着周志明的女同事严君含蓄地向周志明表达了诚挚的爱恋，周志明和严君在工作中成为挚友，可他心里还是想念着施肖萌。 一个叫杜卫东的小偷在狱中经过周志明的帮助和教育，出狱后准备改邪归正重新做人。可是当南州市政协副主席、941厂总工江一明家被盗后，杜卫东又被当做嫌疑犯抓起来了。周志明看出了其中的破绽，经过一番调查证实作案的人不是杜卫东。这时，941厂在引进大型项目中遭受了严重的损失，说明江 　　一明家的机密文件被人盗取过。施肖萌的姐姐施季虹突然向公安机关举报其前男友卢援朝盗窃了江一明家，卢援朝被拘捕检察机关起诉。施肖萌对姐姐的行为很不满，认为姐姐是蓄意诬告卢援朝，毅然做为卢援朝的辩护人出庭为其辩护并宣判无罪释放。 　　经过对施季虹的调查，发现施季虹有出卖情报的嫌疑，原来施季虹被境外潜入的间谍引诱已经成为了犯罪分子。就在公安机关要逮捕港商身份的间谍冯汉章时，发现有人向冯汉章报警。周志明始终没有忘记几年前徐邦呈案件中断的线索，怀疑就在南州市有了个潜伏的特务。决定展开追查。就在周志明同事们继续追查的时候，杜卫东突然被人杀害了。几个连续发生的事情扑朔迷离、互相纠缠，公安人员经过一番周密的调查，终于查清了杜卫东死亡的真相，同时也挖出了多年潜伏在南州市的特务卢援朝，找到了真正盗窃941厂机密的人。原来施季虹诬告卢援朝是境外间谍机关故意布下的一个谜阵，目的是牺牲掉冯汉章和施季虹来保护卢援朝。 　　经过一连串事件的考验和锻炼，周志明成长为一个真正的警察。施肖萌和周志明最终消除了误解又走到了一起。严君在破案后调离了南州市，心里却始终爱着周志明。 　　这是一个年轻警察成长的故事，也是一曲美好爱情的颂歌。

重庆军统王牌特工郑耀先，以狡黠机智和心狠手辣闻名。郑耀先其实就是潜伏在军统的共产党特工“风筝”，为了确保“风筝”像一把尖刀始终刺在敌人的心脏上，在最关键时刻给国民党致命一击，郑耀先不得不成为自己同志眼中人人得以诛之的军统六哥。上线的牺牲让他和组织失去了联系，解放后他化名国民党留用人员周志乾，以一种独特的方式继续为组织提供重要情报。在自己“风筝”的身份被组织证实后，他仍然以隐蔽的方式，协助公安局破获多起潜伏特务。在三十多年的情报员生涯中，他被敌人长期追杀，忍受着妻离子散。对他来说，情报员本身就意味着牺牲，而一个人能有资格为国家牺牲，就是对自身价值的最好证明。