故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相。

宾夕法尼亚州南部的布鲁斯特市，资深的火车机师弗兰克·巴恩斯即将提前退休，作为拥有丰富阅历和经验的老员工，他和伙伴们虽然对公司出于成本雇用相对便宜却没有经验的新员工不满，却也无可奈何。这天早晨，弗兰克迎来了新的搭档，年轻气盛的领航员威尔·科尔森，新老交替正式开始。与此同时，位于北部的富勒站出现状况，满载危险化学品的777号列车在无人驾驶的情况下径自开走，如野兽般咆哮着冲向人口密集的城镇。危险随时降临......

勇猛果敢的杰里米·科曼是一名备受欢迎的消防员，某晚在执行完任务后，他进入便利店购物，却遭遇率领手下抢夺地盘的黑帮头子戴维·黑根，店长及其家人被杀，杰里米侥幸逃脱。之后他作为证人指认凶手，但对戴维为人极其了解的警官迈克·塞拉劝说杰里米接受证人保护，并隐姓埋名，以防止遭到戴维的无情报复。但是他的行踪很快被戴维一伙发现，他与女友塔莉亚遭到伏击，女友更身受重伤。穷凶极恶的戴维，势要将杰里米逼向死路，困兽犹斗，杰里米展开绝死反抗……

父亲马修开车回家，女儿卡桑德拉坐在后座。马修停车进了一家馅饼店买晚餐，片刻之后回到车上，却发现女儿失踪。“女儿在哪儿”的悬念已设定，空茫无人的茫茫雪原渲染了悬疑不安的气氛。 女儿的失踪让马修与妻子蒂娜关系急转直下，蒂娜无法忘记女儿，怀疑绑架与丈夫有关。多年之后，警官妮可在网络上发现了卡桑德拉的照片，马修遂不顾一切要找回女儿，挽救绝望的妻子和两人的婚姻。

中东某地，美国军方的情报系统锁定了一名目标人物，总统不顾系统电脑运算出的建议处理方式，下令定点清除，由此引发了意外的连锁反应……公司小职员杰瑞（Shia LaBeouf 饰）的生活平淡乏味，时常手头拮据，连房租也成了问题，由于供职于军方的孪生兄弟意外过世，杰瑞赶回家中参加葬礼，但此行归来后，杰瑞发现家中居然堆满了武器，随即赶到的FBI破窗而入将他逮捕。与此同时，名叫蕾切尔（Michelle Monaghan 饰）的女人从大街上的电子广告牌上得知自己的儿子被某人绑架，绑架者拥有超乎寻常的能力，能够控制电子产品并监控一切。这名绑架者引导杰瑞摆脱FBI，最终上了蕾切尔的车，两名陌生人被迫合作，在FBI的追捕中落入了神秘绑架者的计划……究竟绑架者是谁？他又有何居心呢？

影片改编自著名漫画大师弗兰克米勒的经典同名漫画，由三个故事组成，都发生在虚拟的罪恶之城，这里，警察和暴徒已无分别，暴力摧毁一切，也保护一切。 故事一：罪城 容貌丑陋，脾气火爆的马福（米基洛克 饰），遇上了金发美女歌蒂，一夜情给了马福从未有过的温暖。然而，醒来之后，马福发现躺在身边的歌蒂被谋杀，自己则面临着杀人凶手的指控。 马福的心被愤怒和复仇的火焰点燃，他在歌蒂的姐姐温蒂的帮助下，调查事实的真相，寻找杀害自己爱人的凶手...... 故事二：狙杀 迪怀特(克里夫欧文 饰)以前是罪犯，整容后，他成了酒吧招待雪莉的男朋友，并且帮她教训纠缠不清的前男友，有暴力倾向的杰奇(本尼西奥德尔托罗 饰)。 迪怀特跟踪杰奇一伙到了由妓女帮派统治的老城，杰奇不按规则办事，被妓女们杀死，之后，她们才发现，杰奇是警察，他的死，破坏了妓女们和警察之间的协议。迪怀特必须帮她们掩盖犯罪事实，并且保护她们的权利...... 故事三：黄杂种 哈迪根(布鲁斯威利斯 饰)由于心脏病快退休了，在他警察生涯的最后一小时，哈迪接到情报，参议员的儿子罗杰绑架了11岁的少女南茜，罗杰是几起奸杀案的主要嫌疑人，落到他手里凶多吉少。 哈迪根单枪匹马的救出了南希，废掉了罗杰，自己也身受重伤。随后的八年，罗杰的参议员父亲，利用权势将他关在监狱中，逼他为罗杰顶罪，哈迪根一直没有屈服，而南希化名为科里迪娅的来信则是她生活中的唯一慰藉。 南希的来信突然中断了，这让哈迪根很不安，他不得不放弃反抗，以认罪来换取假释，寻找保护南希。他并不知道，一直在暗中跟踪他的怪物黄杂种，将让他和南希重新陷入危险之中......