故事发生在2154年，故事从地球开始，杰克·萨利是一个双腿瘫痪的前海军陆战队员，他觉得没有任何东西值得他去战斗，因此他对被派遣去潘多拉星球的采矿公司工作欣然接受。 这个星球上有一种别的地方都没有的矿物元素“Unobtanium”，能够吸引人类不远万里来到这里拓荒的原因就是“Unobtanium”将彻底改变人类的能源产业。但是问题是，资源丰富的潘多拉星球并不适合人类生活，这里的空气对人类致命，本土的动植物都是凶猛的掠食者，极度危险。这里的环境也造就了与人类不同的种族：10英尺高（约3米）的蓝色类人生物“。

克莱瑞（莉莉·柯林斯 Lily Collins 饰）打记事起就一直生活在布鲁克林和单亲妈妈乔瑟琳（琳娜·海蒂 Lena Headey 饰）一起过着简单平静的生活。然而，她却突然看到了一些不可思议的惊人怪事，而母亲也在一次暴力冲突后消失不见。就在她和最好的朋友赛蒙（罗伯特·席安 Robert Sheehan 饰）寻找她母亲的过程中，克莱瑞开始发现了隐藏在暗影猎手世界中的黑暗秘密和更加邪恶的危险力量。几个世纪以来，具有一半天使血统的暗影猎手一直在默默保护人类免受邪恶力量的侵害。 被恶魔、巫师、吸血鬼、狼人和其他超自然生灵所包围的暗影世界迎来了克莱瑞的加入，她和年轻的暗影猎手杰斯（杰米·坎贝尔·鲍尔 Jamie Campbell Bower 饰）、伊莎贝拉（杰迈玛·韦斯特 Jemima West 饰）和艾雷克（凯文·席格斯 Kevin Zegers 饰）寻找到了关乎克莱瑞母亲未来的古老圣杯，并携手保护圣杯不被坏人抢走。年轻的克莱瑞发掘了自身具备的前所未知的超能力和勇气，并以实际行动证明自己是对抗危险敌人的强大的新生战斗力量……

意外流产让满心期待宝宝降生的约翰（Peter Sarsgaard 饰）和凯特（Vera Farmiga 维拉法米加 饰）深受打击，凯特精神几近崩溃，而他们的婚姻也岌岌可危。为了挽救濒临破败婚姻，这对夫妇前往孤儿院希望收养一个孩子。在这里，他们见到了有些特立独行的小女孩伊斯特（Isabelle Fuhrman 伊莎贝尔福尔曼 饰）。小女孩所散发出的独特气质吸引了约翰夫妇，最终伊斯特成为他们家庭中的一员。 然而，随着伊斯特的到来，各种离奇事件接踵而至。凯特隐约感到，这个长着天使面容的小女孩背后有着不为人知的一面……

邦尼在汽车修理厂工作。他有一个智障的妹妹琼令他非常操心。为了照顾妹妹，邦尼一直单身，因为他不想把琼送到专门的疗养院。某一天，邦尼和琼遇到了一个不速之客——邦尼朋友的远房亲戚萨姆。这个萨姆行为古怪，他在酒吧里可以用面包玩出花样，还会模仿经典影片的桥段，逗大家开心。于是，邦尼邀请他做自己妹妹的保姆。在相处中，两个年轻人渐渐建立了一种特殊的感情。同时，邦尼也遇到了心上人路西，但是对妹妹的责任感让他对这段恋情有所忌惮。或许是出于对妹妹的爱，他拒绝萨姆的请求，结果萨姆带着琼私奔了。但是，因为改变环境，琼开始发疯，她被强制送进了医院……

影片设定在《阿凡达》的剧情落幕十余年后，讲述了萨利一家（杰克、奈蒂莉和孩子们）的故事：危机未曾消散，一家人拼尽全力彼此守护、奋力求生，并历经艰险磨难。杰克和奈蒂莉组建了家庭，他们的孩子也逐渐成长，为这个家庭带来了许多欢乐。然而危机未曾消散，萨利一家拼尽全力彼此守护、奋力求生，最终来到潘多拉星球临海的岛礁族寻求庇护。岛礁族首领特诺瓦里与罗娜尔为萨利一家提供了庇护所，这个部族的成员都是天生的潜水好手，也和海洋中的各种生物建立了密切联系。